伯颜虽然还没有得到忻都和洪茶丘的塘报，但是他已经跟张宏范决定，考虑飓风的影响，在5月前把留在对马岛的物资全部搬到壹岐和肥前来，对马岛交给高丽王派兵和官吏管辖，对马岛上驻扎的所有部队全部开到肥前。
冒着刮起飓风的危险，大船来回穿梭在对马、壹岐和肥前，大部分船只已经交由范文虎带回江南，准备在年底无飓风时节把集结在江南的5万签军和50万移民（大多是老弱妇孺）以及2万士子（准备按中原制度建立政权的候选官吏）逐步运来北九州开垦。
北九州5藩的原住民，大部分要么逃到南九州，要么死于战乱和瘟疫，或者有少数越过丰后水道向南过丰予海峡经濑户内海到四国避难的，这样，原先的居民等于少了一大半，各藩原先的政权组织也大部瓦解，元军收买了少数倭奸，以维持州的形式暂时统治着。
伯颜的大本营已经从平户岛移到了大宰府，大部分物资已经基本运到了三野城和大野城南部，重兵防守，张宏范留下500人守壹岐，1000人守平户，全军移兵肥前。
在大宰府跟伯颜商议后，张宏范决定6月份就布防八重岳和神代浮桥，他的部队已有人到来，还有也已到了对马，很快就可以抵达肥前。
张宏范率大军出发，张硅带5000人去防守赤坂，换下在赤坂、长门等地血战和驻防了4个月之久的丽军。
乞哥到来后，将率7000人防守北九州各藩及平户岛，并作好接应范文虎大队垦民到来的准备，另外3000原属山东水师的部队则并入史柱的征东水师。
半个月后，张宏范已经在八重岳、神代浮桥等地接替了刘复亨人的防守，并作了周密的梯次防御布置，刘复亨带领人回大宰府向伯颜汇报。
南九州的大隅、日向和萨摩不知道是什么原因，这几个藩一向忠于天皇，但是因为天皇并无明确指令，他们虽然集结了4万藩兵和数万足轻，但一直没什么行动。
至于九州岛上占地面积最大的肥后藩，地处九州岛中部，因扼守神代浮桥，一直是南九州和北九州联系的中枢，不过由于山地占了面积的四分之三，人口和岁入并不多，勉强养活16万军民，总人口数甚至还不如岛上占地面积最小的丰后藩。
占地面积虽大，但人口不多，能征的兵也就有限，正常情况下也就5000左右的藩兵，有战事时可征兵到8000或，另外还能征发2万左右临时的足轻。
早在张宏范率军到来前，肥后藩主见刘复亨的前锋只有3000人左右，而且都是从赤坂城血战出来的，几乎人人带伤，这藩主见了，动了歪心，集结了4000藩兵和6000足轻，想上去劫掠一番，同时也抢点功劳。
怎料，这3000人是刘复亨派出来准备绕到大宰府后面发起攻击的，一见这些倭兵，以为是从大宰府突围跑出来的，赶紧上前，猛烈攻击，结果，几乎很少打仗的肥后藩的藩兵和足轻，被只有自己兵力三分之一的元军杀得哭爹喊娘，满山逃命。
随后，大宰府被攻克的消息传来，肥后藩的藩主惊恐万状，已经作好了万一元军大军来攻，马上逃往日向，下一步再越濑户内海逃往四国也有可能。
但是，元军并没有乘胜向南九州发起攻击的打算，地形复杂、兵力有限，而且在几天几夜的搏杀中，登陆博多、对拼藤原、攻占大宰府，刘复亨部伤亡达余人，早已失去了进攻能力，而且伯颜并未要求攻占南九州，拿下大宰府，可以说已经完成了使命。
现在，刘复亨所部5万兵力，仅剩余人，刘复亨奉伯颜之命，率大部分将士沿八重岳和神代浮桥展开，主要防守力量都集结在肥后藩的地盘上。
史柱率领7000原水师的部队继续驻扎在大船上，不过因为飓风季节到来的原因，这部分水师和大船基本都驻扎在沿海的避风港口（大部分船只已经交给范文虎在飓风来临之前驶回了中国江南）。
乞哥到来后，水师将加强到人，虽然未必有什么绝对优势，但是在天皇的水师驻扎在东海岸，不愿和幕府水师联合的情况下，还是能够大致保证本州沿海地带的制海权的。
伯颜很快就得到了忻都和洪茶丘的战报，知道他们已经跟幕府军的主力对决过了，由于兵力劣势和地形不利，决战失利，金方庆重伤，虽然治好了，但是右手和左腿却失去了，如今只能在帐中共同商幄军机，但不能再上前线指挥。
不过幕府方面应该也受到了很大的损失，根据战报，伯颜认为石田等人至少损失了一半的兵力，其实，伯颜还是高估了幕府，在1个多月的作战中，石田和新兵卫等人率领的御家武士损失过半，但是10个藩的藩兵损失则达到了近三分之二。
至于足轻，很多溃散了又被逼着回来的，但就是这样，也只有原先总数的三分之一而已，他们大部分并非战殁，而是逃到深山老林去了，藩主和地头也找不到他们。
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