这十五艘船慢慢地靠近了北岸，贼军们也终于发现它们，转过身来，围着这些一字排开的海船，指指点点。有机灵的贼军连忙向上禀报，只是还没等报到巫多宝等人跟前，何芝贵已经叫人发出了旗语，用独弹，自由射击，可视与敌距离和杀伤效果更换弹种。
等到其余船只回复确定收到的讯息后，何芝贵狠狠地下令道：“开炮！”
两三百门二十四斤以上短炮开火，声势远胜团练军火炮队数十倍，就是远在十几里外的杭州城也被吓住，整个城池在无比巨大的声响中瑟瑟发抖。
火光中，一枚枚灼热发红的铁弹从浓烟中钻了出来，飞向耳朵几乎被震聋的贼军们。一路过去，任何物体，包括血肉，都会被击得粉碎。不少贼军看到身边的同伴突然间头碎了，剩下一具无头尸身站在那里好一会都不倒；又或者中间躯干被打成一团血雾，只留下四肢和脖子头在地上抽搐滚动着；又或者半边肩膀和手瞬间就不见，他却浑然不知，还站在那里对着你傻笑。
种种惨状，比贼众们能够想象的地狱还要惨数倍。他们或者被吓得失声尖叫，或者是屎尿齐流。有的运气好，下一轮炮击他们就中了，不用在这人间炼狱中遭受折磨了。
后军都是老弱病残，他们的斗志和意念比起前军那些狂热分子差之千百倍，只是两轮，反应过来的他们就哭爹喊娘地向前狂奔，只求离开这该死的地方。执法队开始还想着阻拦一二，不想瞬间就被推倒在地，然后无数双脚板从他们身上踩了过去，将他们与地上黑红色的泥土混为一体。
上十万的后军炸了营，后果极其严重，他们形成了一股势不可挡的洪流，横扫着挡在他们前面的一切。已经集结好，正要上去增援前军，并准备趁着官军接连进攻，锋芒已顿的大好时机发起反攻的中军，被后军从后面一冲，也乱了。
他们虽然经历过战事，都是青壮中坚，可毕竟没有接受过正规严格的训练。看到已军从身后乌泱泱地冲了过来，就跟炸了窝的蚂蚁一般，惶惶不可终日，里面甚至还有他们的亲友，也不知该怎么办。部分中军下意识地也跟着跑了起来，一传十，十传百，不一会，中军被后军完全给冲溃了，不到半个时辰，二十多万贼军跑得漫山遍野都是。
何芝贵看到三轮火炮就把贼众后军打崩，便下令停止炮击。这弹子药子很贵的，可不能顺便浪。他接着传令，叫停在后面的其它海船靠岸，三千全副武装的水兵结队上岸，开始对贼军发起夹击。
宋辅臣也带着六千守军冲出了城，与团练军、两淮军和两浙水师水兵一起，追着贼军穷追猛打。大部分贼军沿着富春江蒙着头往严州老巢狂奔，少部分贼军比较机灵，脱离开大队人马，往于潜、余杭一带逃去。
根据刘玄、何芝贵的联合命令，水师船队在富春江上游弋，严防贼军过江。团练军、两淮军沿富春江，追击贼军主力，杭州守军直插余杭、于潜，防止贼军向天目山区逃窜。并传檄各州县，谕晓地方乡绅民勇，擒获贼首可得银若干，贼众又可得银若干。
不过两日，检得贼众首级一万九千颗，其中有神兵、红巾圣兵、持灯兵有一万四千余，还有不少估计是拼都拼不齐了，只好作罢。俘获贼众近二十万。贼首巫多宝、巫宝佛以下三百余贼首被执，更有两百余贼首被斩杀，以首级留档。彭明灯等少数贼首逃遁入严州，仅以身免。
停了三日，等到城外贼踪难觅，刘玄遣人向两浙布政使李秀其禀告，求入城。第三日，李秀其遣署理转运使卫仲凌、杭州通判署理知杭州事桂修文以及宁师道等人为代表，出迎刘玄、何芝贵、李纯臣、宁世衡、胡伯恩、贾政等得胜之师。
而在诸暨县城下，杭州大败的消息传来，贼军顿时炸了窝，潘籍、樊春霆、李续斌、姜忠源领兵出击，追杀了上百里，巫金刚等贼首数百人死于乱军，田七宝少数人遁逃无影。
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