第一部，为其实战研究部门，以下又分为若干分部。通过细菌和病毒的实验，来确定鼻疽、炭疽、传染性贫血及植物病毒的效能和传染方法。同时，每年都要在安达特别实验场等地进行“实战演习”，以寻求研制出大批使炭疽菌、牛瘟和羊瘟病毒及各类毒药成为进行细菌战的最适宜的武器。
第二部，是该部队的主要部门，负责各种细菌、病毒的研究和制造。下设细菌、病理学、实验动物管理、有机化学和植物学等五个分部。其细菌学分部从事炭疽菌、鼻疽菌的研究工作，并研究和大批制造牛瘟、羊瘟两种病毒。植物学分部研究细菌毒害或传染植物的方法。1943年10月，又决定增设第六分部，任务是大量增殖炭疽菌、鼻疽菌和锈菌（黑穗菌），并在地下特种仓库内保存这种细菌。
还有制造血清疫苗的第三部，负责饲养动物的第四部，负责培训专业技术人员的第五部。第五部，是教育部，又称531部队。关东军的兽医下士官候补生，一直由第五部负责教育，1943年以后，关东军的兽医干部候补生，也不再由东京陆军兽医学校培训，而改由第100部队代培。毕业后，由关东军统一分配到各军团去工作。
另外，第100部队还先后在大连、海拉尔（后迁克山）、拉古（后迁牡丹江市）、佳木斯、四平设有5个支队，并在关东军各军团设置兽医部队，配合第100部队的细菌战活动。
第100部队与第731部队一样，建筑非常庞大，戒备十分森严。据原东北医大卢田广之的证词，“该部队所征用的劳工都是在指定的地方（如房屋、操场），来做活的”。王庆有在第100部队当过10多年劳工，他说：本部右前方有一座三层的高楼，由这座楼中央竖起一个高插入云的白烟囱，这个地方是中国人的禁区，“拦有铁刺线，站在旁边往里看一眼都不行，如果让日本兵发现，开枪就打”，因为这里是100部队的要害部位第二部，有庞大的细菌实验室和炼人炉。原第100部队工作员三友供认：该部队设有“军人禁闭室”，是在第二部的地下室里，两个连接的小屋，每屋4米见方，有两层保险门，门高不足2尺，宽1.5尺，墙上有用软木做成的隔音装置，这两间小屋的对门是化验室。本部的后边也有这样的小屋。每间小屋至少监押着30～40人。实际上，它并不是“军人禁闭室”，而是监押准备做细菌实验的中国人的监狱。还备有3辆特别囚车，经常从外边把“囚犯”秘密地运进来。在本部西北不远处，是“牲畜掩埋场”，有东西约半里、南北约1里那样大，不仅埋实验致死的牲畜，而且将细菌实验致死的人也埋在这里。
它与伪满卫生机构的关联
第100部队与第731部队及伪满卫生机构，在细菌战研究指导、交流、配合等方面，有着极为密切的联系。第100部队由关东军司令部以高桥隆笃中将为部长的兽医部指导，但同时第731部队长北野政次中将、伪满大陆科学院马疫研究处处长安达诚太郎也负有指导之责。如马疫研究处，它成立时接受过关东军的援助，而成立后则根据关东军的命令向第100部队提供炭疽、鼻疽等研究材料、血清、器具及技术人员等。据安达诚太郎供认：“我每月也去关东军兽医部一两次，虽不是直接领导，但在谈话中也曾指示我如何做等。”他说：“成立马疫研究处时，关东军曾经援助过。以后，关东军还命令马疫研究处供给100部队研究材料。”“我供应100部队菌苗，从1938年开始到1942年我调转为止。供应菌苗的种类有炭疽、鼻疽、腺液、媾液等四种”。“从1937到1940年，根据关东军的命令，制造了5000至C.C的炭疽预防液及至C.C的血清，供应了并河和高岛部队。”“从1938年至1941年，高岛、并河部队到海拉尔、洮南、克山等地购买军马时，我根据关东军的命令，派技术人员帮助检验鼻疽和炭疽预防注射工作。”“1940年前后，因玻璃器具缺乏，培养细菌需要硬性玻璃，100部队只有钱没有货，我就给了他们相当数量的硬性玻璃器具。在若松任部长时，我曾给他介绍过细菌学者，如横堀畜产司长、新美畜产兽医大学校长、武富兽医学校校长等。”
第100部队与第731部队，是日本天皇、政府和军部的侵华战车上以“准备细菌战”和“对策”为目的两个车辆。两者都是九一八事变后侵驻中国的东北，同时于1936年根据日本天皇的敕令成为正式部队开始活动，在七七事变后于1938～1940年，第731部队迁入平房镇，第100部队迁入孟家屯，进行了大规模的扩编与新建设施。它们是准备和实施细菌战的一对孪生兄弟，其本部、支队、各军团军医部及兽医部，以及与伪满的有关卫生机构相互配合，在中国东北构成了庞大的细菌战体系，并成为侵华细菌战的大本营。
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