2月14日，智利总统平托下令出兵占领安托法加斯塔港，赶走了玻利维亚警卫队。3月14日，玻利维亚向智利宣战。秘鲁也于4月参战。
由于这场战争是为了争夺硝石和鸟粪，因此被称“硝石战争”或“鸟粪战争”。
“在我们拒绝了那个组织的要求后，很快便品尝到了恶果。”在说这些话的时候库琴斯基总统很有一些无奈：
“我们在战争初期便已经注定会失败了。”
在三国大战的战争初期，智利凭借两倍于秘玻联合舰队的海军，迅速封锁了秘鲁和玻利维亚的海岸。
1879年5月，智利海军司令威廉姆斯留下战舰“埃斯美莱达号”封锁秘鲁要塞伊基克，但遭到秘鲁海军的偷袭，“埃斯美莱达号”被击沉。
同年10月8日，智利舰队在例行巡航中遭遇秘鲁舰队，双方展开了南美历史上第一次铁甲舰决战。智利海军摧毁了秘鲁主力铁甲舰“胡阿斯卡号”。
1879年11月，7000名智利士兵在6艘军舰的护送下，在伊基克要塞附近登陆，秘、玻联军进行殊死抵抗，但当时玻利维亚陆军装备低劣，部队里充斥着脚蹬凉鞋、穿着五花八门服装的印第安人，他们没有步枪等火器，只有原始的弓箭和十字弩，这也使“南美太平洋”成为世界上最后一场使用弓弩作战的战争。
智利军队获胜并迅速地占领了秘鲁的塔拉帕卡省全境！
“而这一切失败的根源都是由于我们拒绝了那个组织提出的要求！”
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